L'Association se subdivise en 3 sections

• la Swiss Football League (SFL)
• la 1re Ligue
• la Ligue Amateur (LA)

Les clubs appartiennent à la section dans laquelle leur première équipe dispute ses matches de championnat conformément aux prescriptions du règlement de jeu. Les clubs de Swiss Football League (SFL) font partie du football non amateur. Les clubs de 1re Ligue et de Ligue Amateur font partie du football amateur.

Les sections possèdent la personnalité juridique et ont des organes propres, nommés par elles-mêmes. Elles ont le droit de posséder des biens en propre et d'en disposer librement dans le cadre des buts généraux de l'Association. En cas de dissolution d'une section, ses biens reviennent à l'Association. Les comptes des sections sont soumis au contrôle de la commission des finances, sous réserve de l'état spécial de la Swiss Football League. Les sections ont le droit d'exiger de leurs membres des contributions ordinaires et extraordinaires.

Swiss Football League
Axpo Super League: 10 Équipes s'affrontent pour le titre officiel de Champion Suisse et pour les places européennes. Les clubs doivent obtenir leur licence d'après le règlement strict de l'UEFA. À la fin de la saison, l'équipe qui occupe la dernière place du classement est directement reléguée, et l'avant-dernière joue un match de barrage face à la deuxième équipe du classement de Challenge League. Tandis que la première équipe de Challenge League est directement promue en Super League.

Challenge League: durant la saison 2011/12, 16 équipes participent au championnat. À la fin de la saison 2011/12, les six équipes de Challenge League les moins bien classées sont automatiquement reléguées dans la 1ère ligue Promotion qui doit être créée au 01.07.2012. Elles ne seront pas remplacées. Pour les rencontres de l'ASL, 5 étrangers au maximum peuvent jouer en même temps, tandis qu'en CL, le chiffre se limite à 3 étrangers.

1ère Ligue
La 1ère ligue comporte les meilleures équipes régionales et les équipes espoirs de la Swiss Football League. Le championnat de la 1ère ligue est disputé par 48 équipes. À la fin de la saison 2011/12, aucune équipe n’est promue en Challenge League. Six équipes (sans les équipes M21) sont immédiatement promues dans la 1ère ligue Promotion qui doit être créée au 01.07.2012. A la fin de la saison 2011/12, deux équipes sont reléguées en 2ème ligue interrégionale.

Ligue Amateur
2ème Ligue interrégionale (que l'on nomme aussi 2ème ligue inter): Cette ligue se compose de bonnes équipes régionales avec de bonnes équipes amateures. En tout, 6 groupes de 14 équipes.
Ligues régionales: la 2ème ligue est la ligue la plus haute organisée par les associations régionales. Les plus grandes associations régionales (Vaud, Berne/Jura, Zurich et Suisse orientale) possèdent 2 groupes de 12 équipes, tandis que les autres associations ne possèdent qu'un seul groupe. 
3ème Ligue: Il existe entre 2 et 6 groupes selon les associations. L'association Berne/Jura possède un championnat de 3ème ligue 1er degré et 2ème degré.
4ème Ligue: L'avant-dernier niveau du football helvétique.
5ème Ligue: Le niveau le plus bas dans toute la Suisse..